Bakteriofag yang mengandung DNA tak berujung tidak dapat dideteksi dengan metode standar - tetapi sekarang para ilmuwan percaya bahwa mereka mendominasi lautan dunia.
Setiap tetes air yang tidak terlalu dalam dari permukaan laut mengandung sekitar 10 juta virus. Tidaklah mengherankan bahwa para ahli biologi terus-menerus menemukan yang baru, meskipun penemuan kelompok yang sama sekali baru masih sangat jarang. Tampaknya teknik standar sama sekali tidak memungkinkan mereka untuk diperhatikan, meskipun virus semacam itu ternyata sangat banyak - mungkin mereka tersebar luas tidak hanya di lautan dan luput dari para ilmuwan.
Martin Polz dari Massachusetts Institute of Technology dan rekan-rekannya memeriksa sampel air yang diambil di lepas pantai Amerika Utara di Samudra Atlantik. Mereka mencari virus yang mengandung DNA untai ganda - virus semacam itu tersebar luas, termasuk herpes, dan bakteriofag T4 (Caudovirales) yang akrab bagi semua orang di sekolah. Dengan menginfeksi budaya bakteri laut Vibrionaceae, para ilmuwan menemukan 200 virus DNA yang berbeda, 18 di antaranya dikaitkan dengan orde baru Autolykiviridae. Mereka menulis tentang ini dalam artikel yang diterbitkan di jurnal Nature.
Nama grup tersebut mengacu pada pahlawan mitologi Yunani Autolycus, pencuri licik yang sulit ditangkap seperti virus ini. “Virus paling umum di Bumi adalah virus yang menginfeksi bakteri yang mengandung DNA rantai ganda,” tulis Poltz dan rekan penulisnya. “Namun, Caudovirales dengan virus berekor, yang mendominasi database dan koleksi tanaman, tidak mewakili keberadaan mereka di lingkungan. Faktanya, virus tak berekor mendominasi sampel air."
Sel Bakteri yang Terinfeksi Autolykiviridae / MIT Phages, Kauffman et al., 2018.
Bakteriofag "berekor" Autolykiviridae berbeda dalam ukuran genomnya yang kecil - hanya sekitar 10 ribu basa, 4-5 kali lebih kecil dibandingkan pada kerabat "berekor". Kemampuan mereka untuk menginfeksi dan membunuh sel bakteri juga tidak biasa. Jika fag biasa dalam percobaan, sebagai suatu peraturan, mempengaruhi satu spesies vibrios tertentu, ini menginfeksi rata-rata empat dan menyebabkan kematian sel yang lebih tinggi. "Mereka ditemukan bertanggung jawab atas 40 persen kematian akibat bakteri, meskipun mereka menyumbang sekitar 10 persen dari jumlah total virus dalam sampel," jelas salah satu penulis penelitian.
Bakteri Vibrio dari spesies yang berbeda terletak di sekeliling diagram; lingkaran virus yang menginfeksinya berhubungan dengan mereka: biru - bakteriofag "berekor", oranye - "tak berekor" Autolykiviridae / MIT, Kauffman et al., 2018.
Angka-angka ini menunjukkan peran besar yang dimainkan grup baru Autolykiviridae dalam regulasi populasi bakteri dan di biosfer secara keseluruhan. Para ilmuwan yakin bahwa teknik mereka akan membantu menemukan virus yang sebelumnya luput dari deteksi di dalam tanah, dan mungkin di usus manusia. Urutan genetik serupa memang ditemukan dalam genom bakteri di mikroflora manusia.
Video promosi:
Sergey Vasiliev
