Laporkan hasil analisis genetik sampel jaringan dari mumi yang ditemukan di Peru. Laporan ini disiapkan pada November 2018.
Pelaku
- Laboratorium CEN4GEN (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Persiapan dan pengurutan sampel.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexico) - analisis data komputer.
Setelah analisis awal untuk kualitas, 3 sampel diambil dari 7 sampel yang dikirimkan untuk analisis lebih lanjut.
Sampel untuk analisis
| Penunjukan | nama asli | Nama bersyarat | Gambar |
| Kuno-0002 | Leher Tulang Med Duduk 00-12 Victoria 4 | Victoria | Gambar 3.117 |
| Kuno-0003 | 1 Tangan 001 | Pisahkan tangan dengan 3 jari | Gambar 3.118 |
| Kuno-0004 | Momia 5 - DNA | Victoria | Gambar 3.117 |
Untuk sampel ini, operasi berikut dilakukan:
Video promosi:
- Ekstraksi DNA.
- Pemeriksaan kualitas DNA.
- Perbanyakan DNA.
- Pembuatan perpustakaan DNA.
- Pengurutan DNA.
- Pembentukan data sekuens yang dimurnikan.
- Kontrol kualitas.
- Analisis pendahuluan dengan melapisi bacaan DNA pada genom manusia.
- Analisis untuk isolasi DNA pendek berbunyi khas DNA purba.
- Hamparan DNA Kuno0003 terbaca di perpustakaan genom manusia yang ada.
- Analisis mitokondria untuk mendeteksi varian D-loop dan situs informatif lainnya untuk penentuan haplotipe mitokondria.
- Penentuan jenis kelamin sampel Ancient0003.
- Identifikasi kemungkinan organisme asing dalam sampel.
- Analisis database DNA untuk mengidentifikasi kesamaan dengan organisme yang diketahui.
Gambar 3.117. Mengekstrak sampel dari leher Victoria.
Untuk mengidentifikasi kemungkinan jenis organisme yang ada dalam sampel Ancient0004 dan Ancient0002 (Victoria), sketsa DNA dilakukan (Ondov et al., 2016), di mana kelompok fragmen pendek, k-mers, dibandingkan dengan database yang tersedia. Perangkat lunak BBTools digunakan.
Organisme berikut diuji:
- Bakteri.
- Virus.
- Plasmid.
- Phages.
- Jamur.
- Plastid.
- Diatom.
- Manusia.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Label untuk genom berikut:
- Lotus japonicus chloroplast, genom lengkap.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P keluarga reseptor penciuman 9 subfamili S pseudogen (cOR9S3P) pada kromosom 25.
- Vigna radiata mitochondrion, genom lengkap.
- Millettia pinnata kloroplas, genom lengkap.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, seluruh urutan senapan genom.
- Asinibacterium sp. OR53 scaffold1, seluruh urutan senapan genom.
- Bacillus firmus strain LK28 32, seluruh urutan senapan genom.
- Bupleurum falcatum chloroplast, genom lengkap.
- Alicycliphilus sp. B1, seluruh urutan senapan genom.
- Bacillus litoralis strain C44 Scaffold1, seluruh urutan senapan genom.
- Chryseobacterium takakiae strain DSM 26898, seluruh rangkaian shotgun genom.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans strain DSM 25387 Scaffold3, seluruh rangkaian senapan genom.
- Rhodospirillales bacterium URHD0017, seluruh rangkaian shotgun genom.
- Bacillus onubensis strain 10J4 10J4_trimmed_contig_26, seluruh urutan senapan genom.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, seluruh urutan senapan genom.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, seluruh urutan senapan genom.
-
Vertebrata: Label untuk genom berikut:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoa.
Gambar 3.118. Gambar dan radiografi dua tangan berjari tiga.
Setelah semua filter, 27974521 bacaan untuk Ancient0002 dan 304785398 bacaan untuk Ancient0004 diterima. Hal ini menunjukkan bahwa 27% DNA dari sampel Ancient0002 dan 90% DNA dari sampel Ancient0004 tidak dapat diidentifikasi dengan sampel DNA organisme yang dianalisis dari database yang tersedia.
Tahap analisis selanjutnya dilakukan dengan menggunakan software megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Hasil berikut diperoleh:
- Ancient0002: 60852 contigs, total 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, avg 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) rakitan bacaan.
- Ancient0003: 54273 contigs, total 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, avg 972 bp, N50 1200 bp, 20.247.568 (65,69%) rakitan bacaan.
Hasil analisis ditunjukkan pada gambar.
Gambar 3.116. Rasio pembacaan rahasia untuk pembacaan 28073655 Ancient0002 (grafik atas) dan pembacaan 25084962 Ancient0004 (grafik bawah) dibandingkan dengan 34904805 basis DNA yang mewakili 1109518 kelompok taksonomi.
Kesimpulan
Hasil analisis menunjukkan bahwa sampel Ancient0002 dan Ancient0004 (Victoria) tidak sesuai dengan genom manusia, sedangkan sampel Ancient0003 sesuai dengan genom manusia.
Komentar oleh Korotkov K. G
Perhatikan bahwa tangan berjari tiga itu milik makhluk besar, ukurannya sebanding dengan Maria, dan hasil yang diperoleh sesuai dengan hasil analisis DNA Maria. Victoria adalah perwakilan dari "makhluk kecil", dan hasilnya menunjukkan bahwa DNA mereka tidak cocok dengan makhluk duniawi modern mana pun. Secara alami, kami tidak memiliki data tentang makhluk purba yang telah menghilang selama jutaan tahun.
Tautan
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: klasifikasi taksonomi komprehensif dan sangat akurat dari data short-read dalam waktu yang wajar. Penelitian Genom, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Membandingkan kinerja tiga metode ekstraksi DNA kuno untuk sekuensing throughput tinggi. Sumber Daya Ekologi Molekuler, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). ART: simulator membaca sekuensing generasi berikutnya. Bioinformatika, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Perakit metagenom yang cepat dan dapat diskalakan yang didorong oleh metodologi canggih dan praktik komunitas. Metode, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: estimasi jarak genom dan metagenom cepat menggunakan MinHash. Genome Biology, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Karakterisasi genom kuno dan modern dengan deteksi SNP dan analisis filogenomik dan metagenomik menggunakan PALEOMIX. Protokol Alam, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: analisis data sekuensing generasi berikutnya dari DNA mitokondria manusia di cloud. Penelitian Asam Nukleat, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: penggabungan ulang Illumina Paired-End yang cepat dan akurat. Bioinformatika, 30 (5), 614-620.
Materi diberikan oleh Konstantin Georgievich Korotkov (Doktor Ilmu Teknik, Profesor, Universitas Teknologi Informasi, Mekanika dan Optik) dan Dmitry Vladislavovich Galetsky (Kandidat Ilmu Kedokteran, I. P. Pavlov First St. Petersburg State Medical University)
