Aplikasi kriptografi pertama yang diketahui diyakini menggunakan hieroglif khusus sekitar 4.000 tahun yang lalu di Mesir Kuno. Elemen kriptografi sudah ditemukan pada prasasti Kerajaan Lama dan Pertengahan, teks kriptografi lengkap telah diketahui sejak periode dinasti XVIII. Tulisan hieroglif, yang berasal dari piktografi, sarat dengan ideogram dan, akibat kurangnya vokalisasi, memungkinkan pembuatan fonogram sesuai dengan prinsip teka-teki.
Kriptografi orang Mesir tidak digunakan untuk mempersulit membaca, tetapi lebih mungkin, dengan keinginan para ahli Taurat untuk saling melampaui dalam kecerdasan dan kecerdikan, dan juga, dengan bantuan yang tidak biasa dan misterius, untuk menarik perhatian pada teks mereka. Salah satu contoh ilustrasinya adalah teks pemuliaan bangsawan Khnumhotep II (abad XIX SM) yang ditemukan di makam No. BH 3 yang terpelihara dengan baik di daerah Beni Hasan.
Orang Mesir kuno menggunakan setidaknya tiga sistem enkripsi.
Dalam teks India kuno, di antara 64 seni, metode untuk mengubah teks diberi nama, beberapa di antaranya dapat dikaitkan dengan yang kriptografi. Penulis tablet dengan resep pembuatan glasir untuk tembikar dari Mesopotamia menggunakan sebutan langka, huruf yang dihilangkan, dan nama diganti dengan angka untuk menyembunyikan apa yang tertulis. Kedepannya, terdapat berbagai referensi penggunaan kriptografi yang sebagian besar berkaitan dengan penggunaan dalam urusan militer.
Dengan munculnya tulisan fonetik, penulisan segera disederhanakan. Dalam alfabet Semitik kuno di milenium II SM, hanya ada sekitar 30 karakter. Mereka menunjukkan konsonan, serta beberapa bunyi vokal dan suku kata. Penyederhanaan tulisan membawa perkembangan kriptografi dan enkripsi.
Contoh penggunaan kriptografi dapat ditemukan di kitab suci Yahudi, termasuk kitab nabi Yeremia (abad ke-6 SM), dimana metode enkripsi sederhana yang disebut atbash digunakan. Alih-alih huruf pertama dalam alfabet, mereka menulis yang terakhir, bukan yang kedua - kedua dari belakang, dan seterusnya.
Salah satu perangkat kriptografi tertua yang diketahui adalah skitala, juga dikenal sebagai "sandi Sparta kuno". Skitala (atau scitala dari bahasa Yunani σκυτάλη, tongkat) adalah perangkat yang digunakan untuk melakukan enkripsi permutasi. Skitala terdiri dari sebuah silinder dan sepotong perkamen yang dililitkan di sekelilingnya dalam bentuk spiral, di mana sebuah pesan tertulis. Perangkat ini ditemukan oleh bangsa Sparta dan diketahui telah digunakan dalam perang Sparta melawan Athena pada akhir abad ke-5 SM. e.
